A Fullmetal Alchemist egy különleges világban játszódik,ahol a 19. és 20. század technikai vivmányai mellett megfér egy különös rend mágikus hatalma is. Ők lennének az alkimisták, akik a beszédes nevű Central City mélyén fekvő erődítményükből mozgatják a világot behálózó szálakat. Az alkimisták központi rendháza a hatalom gócpontja, amit vérrel,  szenvedéssel és sok ártatlan halála árán kaparintottak meg maguknak, de erről kevesen beszélnek: sokan meghaltak közülük, a túlélők pedig komor, kiábrándult emberek. A hivatalos alkimisták azonban vadásznak azokra, akik engedéjük nélkül nyúlnak mesterségük módszereihez. Miközben lassan felnő az alkimisták új nemzedéke, a háttérben sötét erők kezdenek mozgolódni, és sokáig azt sem tudni, ki melyik oldalon áll. Egy polgárháború túlélői, egy belső konfliktustól szaggatott rend és a hatalmas erővel bíró vándorok maroknyi csoprtja között már felcsapnak a konfliktus szikrái, amikor felbukkan egy talpig fémbe öltözött óriás egy mogorva törpe alkimista: az Elric fivérek.

Tragédia:

Történetünk főszereplője két fiatal alkimista zseni, Edward és Alphonse Elric. Régen nem látott édesapjuk könyvtári gyűjteményének köszönhetően egészen zsenge koruk óta érdeklődni kezdtek az alkímia mestersége iránt, és már békés gyermekkorukat a különféle transzformációk gyakorlásával töltötték. Sajnálatos módón az idil csak addig tartott, amíg sújosan beteg édesanyjuk el nem távozott az élők sorából. A döbbenetes esemény után Edward döntést hozott: megszegte az alkímia törvényeit, hogy megpróbálja visszahozni halott édesanyját az élők sorába. A merész kísérlet természetesen több  szörnyű következménnyel járt: Edwárd elveszítette a kezét és a lábát, ráadásul testvérének is nyoma veszett. A zseniális fiú azonban ötlettől vezérelve különös rituáléba kezd. Test nélkül a lélek nem képes  az anyagi világban létezni, ezért  Edward fivére kósza lelkét bezárja a szobában álló üres páncélba. Csodák csodájára a páncél megmozdul, majd megszólal Alphonse hangján....

A Fullmetal Alchemist főhősei talán csak sejtik, milyen veszedelmes úton indulnak el azon a bizonyos éjszakán- ráadásul ez még csak a kezdet. Képességeikre egy hivatalos alkimista, Roy Mustang ezredes figyel fel, aki felajánlja nekik a lehetőséget, hogy a rend tagjaivá válljanak, ehez viszont vizsgázniuk kell Central Cityben. Már az odaút sem nevezhető szokványosnak, ám ez csak előhangja annak a rengeteg különleges kalandnak, ami a rákövetkező években az Elric fivérekre vár. A történet ugyanis ezután több éveket is ugrik az időben, amíg a kezdetben 10-11 éves testvérpár végül 15-16 évessé cseperedik. Az említett különleges kalandok mellett életük nem szűkölködik szomorú vagy  akár bizarr eseményekben, attól függően, éppen milyen szörnyű rejtély megoldásában segédkeznek. Az igazán kemény megpróbáltatások azonban egy Scar névre hallgató bűnöző fellbukkanásával kezdődnek. Scar egy hihetetlen erejű férfi, aki különleges képességgel rendelkezik, és egészen eggyértelmű cél motiválja: ki akarja írtani az összes alkimistát.  Az események innentől kezdve vesszettűl felpörögnek, és lassan kirajzolódik a háttérben tevékenykedő frakciók szándéka: mindannyian meg akarják szerezni a  Bölcsek kövét és ehez a testvérpárra van szökségük.